Bu yatılı okullarda köle çocuklarına yerli isimleri yerine İngilizce isimler verilir, onların geleneksel kıyafetleri ve dilleri yasaklanırdı. Yani bu okullar eğitim değil asimilasyon içindi. Bugün ortaya çıkan kayıtlar, en az 523 yatılı okulun bu baskı sistemine dahil olduğunu ve 408'inin federal hükümet tarafından finanse edildiğini gösteriyor. Yerli çocuklar, dayak, kötü muamele, ağır işçilik ve açlık gibi zorluklarla karşılaştı ve çoğu ailesine asla geri dönmedi. Araştırmalar devam ettikçe, ölü sayısının binleri, hatta on binleri bulabileceği düşünülüyor.

Carlisle Yatılı Okulu, asimilasyonun merkezlerinden biriydi. Bu okulun sloganı, 'İçindeki Yerliliği Öldür, İnsanı Kurtar’dı. 1894 yılının kasım ayında, Amerikan askerleri Arizona'nın kuzeyindeki Hopi halkının yüzyıllardır yaşadığı uzak mesa bölgelerine geldi. Amaçları belliydi: Çocukları kaçırmak.
Hopi aileleri, çocuklarını zorla yatılı okullara göndermemek için büyük bir direnç gösterdi.